O PPGEB está sediado na Faculdade de Engenharia Elétrica (FEELT) da Universidade Federal de Uberlândia, pioneira na pós-graduação stricto sensu da universidade com a criação, em 1984, do curso de mestrado em Engenharia Elétrica.

As atividades de pesquisa associadas ao PPGEB se iniciaram efetivamente em 1997 com a criação do primeiro laboratório de engenharia biomédica, então coordenado pelo professor Alcimar Barbosa Soares. Este laboratório rapidamente passou a acomodar estudantes de graduação e pós-graduação, sendo que as duas primeiras defesas de mestrado relacionadas ocorreram já no ano de 2000. Com o passar do tempo, novas pesquisas foram desenvolvidas em parceria com outros docentes da FEELT, de outras unidades da UFU e de instituições internacionais, como a University of Edinburgh (UK), University of Reading (UK), Université Paul Verlaine Metz (França) e University of New Brunswick (Canadá).

A partir de 2000, outros docentes se associaram às pesquisas, agregando conhecimentos nas áreas de Engenharia de Computação (Engenharia de Software, Computação Gráfica, Interfaces Humano Computador), Realidade Virtual e Realidade Aumentada. No período de 2003 a 2009 a equipe se fortaleceu com a chegada de novos professores para atender ao curso de graduação em Engenharia Biomédica da UFU. A atuação deste grupo na área de Engenharia Biomédica, e sua intensa produção acadêmica e científica, culminou na proposta de criação do Programa de Pós-Graduação em Engenharia Biomédica, elaborada por uma comissão (Portaria FEELT 005/12 de 06 de fevereiro de 2012 ) formada pelos professores Alcimar Barbosa Soares (presidente), Adriano Alves Pereira, Alexandre Cardoso e Edgard Afonso Lamounier Júnior. A proposta foi aprovada pelo Conselho da FEELT em 23 de março de 2012, pelo Conselho de Pesquisa e Pós-Graduação da UFU (CONPEP) em 11 de abril de 2012 e pelo Conselho Universitário da UFU (CONSUN) em 25 de maio de 2012 (Resolução CONSUN 11/2012).

Finalmente, em outubro de 2012, o curso de mestrado do Programa de Pós-Graduação em Engenharia Biomédica da UFU foi aprovado e recomendado pela CAPES na 140ª reunião do Conselho Técnico-Científico da Educação Superior (CTC-ES) realizada nos dias 22 a 26 de outubro de 2012.